Hlavné klinické efekty kvantovej terapie sú efekt protizápalový, analgetický, antiedematózny a podpora imunitného systému. Uvádzajú sa tiež zlepšenie mikrocirkulácie tkanív, biostimulačný účinok, aj antioxydačný efekt.
Kvantová terapia je rozšírením liečebného spektra ochorení najmä kĺbovo-svalového systému (bolestivé svalové úpony, zápaly kĺbov, artrózy, poúrazové zmeny kostí, kĺbov a svalov), poruchy chrbtice, zvlášť platničiek. Ďalej sú to neurologické ochorenia – ochrnutia periférnych nervov), v traumatológii hlavne zlepšenie hojenia rán, podpora výživy tkanív u zle sa hojacich defektov. Dobré účinky sú aj v cievnej problematike (ischemická choroba dolných končatín, kŕčové žily). Uvádzajú sa pozitívne efekty aj u ďalších ochorení -kožné ochorenia, ORL – hučanie v ušiach, bolesti hlavy a podobne.